LabCom 2016 : ANR 16-LCV2-0006-01

Création d’un laboratoire commun sur la valorisation des très grandes cohortes d’imagerie biomédicale

Laboratoire cofinancé par l’ANR renforce la collaboration débuté en 2013 entre  2 partenaires : le groupe d’imagerie neurofonctionnelle du CEA et l’entreprise Fealinx (ex-Cadesis).

GinesisLab, implanté à Bordeaux dans le nouveau bâtiment du Neurocampus, a vu le jour le 3 avril 2017.  Ce laboratoire est idéalement placé dans un campus qui intègre des recherches fondamentales, épidémiologiques et applicatives en santé.  Le laboratoire sera codirigé par Marc Joliot directeur de recherche CEA et Philippe Boutinaud directeur technique & innovation de Fealinx.

Des objectifs couvrant les attentes de la recherche fondamentale et de la recherche clinique

Le premier axe de travail consistera dans la gestion intégrée de chaînes de traitement de données d’imagerie avec pour objectifs la conception et l’automatisation de calculs locaux ou déportés dans des centres de calculs. Cet axe intéresse particulièrement les recherches en épidémiologie. Les développements seront validés et utilisés pour analyser notamment la cohorte d’imagerie I-SHARE portant sur la santé des étudiants (2000 individus en imagerie, Projet Investissement d’Avenir).

Le deuxième axe est de développer des méthodes de classification et d’analyse prédictive afin d’appliquer ces méthodes à l’étude des différentes variantes de l’organisation anatomo-fonctionelle cérébrale.  L’ambition est d’utiliser ces méthodes directement sur les données d’imagerie 2D, 3D et 4D, de combiner un apprentissage sur ces données avec des données issues d’autres sources : questionnaires psychologiques, démographie, protéomique, génétique…

Le projet aura un impact sociétal important pour la médecine du futur, en développant des outils prédictifs sur la pathologie par comparaison de l’imagerie d’un individu avec celle de cohortes de sujets sains et de sujets ayant des pathologies identifiées. L’entreprise Cadesis, en partenariat avec le GIN, commercialise déjà une solution de gestion des données d’études biomédicales (SwoMed) basée sur un outil de PLM (Product Lifecycle Management) ; les chaines de traitement et méthodes de classification et d’analyse seront intégrés et commercialisés en tant que modules dans cette solution.

Socle de la collaboration
Ce laboratoire s’appuie sur une collaboration entre les deux partenaires, initié en 2013 dans le cadre du projet ANR intitulé BIOMIST, qui a donné lieu à la création d’une plateforme informatique de gestion des données médicales. Les principes et les fonctionnalités de cette solution ont été publiés très récemment dans un numéro spécial de Frontier in ICT (« Information et Communication Technology ») (Allanic et al. 2017).

Allanic M, Herve PY, Pham QC, Lekkal M, Durupt A, Brial T, Grioche A, Matta N, Boutinaud P, Eynard B, Joliot M (2017) BIOMIST: A Platform for Biomedical Data Lifecycle Management of Neuroimaging Cohorts. Frontiers in ICT

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